Il controllo di Bisanzio sull'isola venne meno a seguito della penetrazione araba nel Mediterraneo intorno all'ottavo secolo. Le incursioni islamiche resero, infatti, difficili i collegamenti tra la Sardegna e la capitale dell'Impero per cui lo Judex iniziò a governare in modo autonomo esercitando sia i poteri civili sia quelli militari. Per difendere l'isola, nominò quattro luogotenenti dislocandoli nelle mereie di Carales, Torres, Arborea e Gallura.

L'improvvisa indipendenza dei luogotenenti (900 d.C. circa) fu, probabilmente, la causa della formazione in Sardegna dei Giudicati , stati sovrani, perfetti e superindividuali. I giudicati erano governati da un Giudice ( Rex ), eletto dalla Corona de Logu (sorta di Parlamento ), divisi in curadorìas o partes (circoscrizioni o province). Esse, governate da un Curatore nominato dal giudice, comprendevano numerose ville (paesi), amministrate da un Majore de villa.

Nel periodo giudicale il territorio di Siliqua apparteneva alla curatoria del Sigerro, inserita nel giudicato di Carales. Questo era diviso in 17 curatorie e comprendeva tutta l'odierna provincia di Cagliari, l'Ogliastra, parte della Barbagia di Seulo ed il Sarrabus.

La curatoria del Sigerro o Cixerri, con capoluogo prima Cixerri e poi Villamassargia, era formata da 41 ville, tra cui la villa di Siliqua o Xilico (secondo una statistica pisano-aragonese del 1322-1358 e il Registro delle rendite pisane redatto tra il 1256 e il 1260 e datato 1323), comprese negli attuali comuni di Siliqua, Iglesias, Buggerru, Domusnovas, Gonnesa, Musei e Villamassargia.

In Sardegna, le continue incursioni arabe, mai cessate, preoccuparono il papa Benedetto VIII a tal punto che chiese aiuto alle città marinare di Pisa e Genova. Nel 1015 la flotta delle due città sbaragliò, probabilmente nella zona nord-occidentale dell'isola, quella araba capeggiata da Museto.

Da questo momento la storia dei Giudicati si intreccia con quella delle due repubbliche in quanto i Giudici concessero numerosi possedimenti nell'isola ad alcune potenti famiglie sia pisane sia genovesi.

La ricostruzione della storia di Siliqua in questo periodo è, data la mancanza di documenti, alquanto difficile. Le sue vicende sono, comunque, legate a quelle del giudicato di Calares e della sua capitale Santa Igia. Il giudicato di Calares era un regno solo di nome. Il giudice viveva isolato nella villa giudicale di Santa Igia; nel Castello ( Castellum Castri ) stavano i Pisani, tra cui le potenti famiglie dei Visconti e dei Capraia che controllavano anche il porto. Il giudice di Calares, Giovanni Torchitorio V, noto sotto il nome di Chiano, preoccupato del crescente potere di tali famiglie, occupò il Castello e, nella speranza di poterlo mantenere, cercò e ottenne l'alleanza di Genova (1256).

Pisa decise di intervenire militarmente e affidò la conduzione della guerra ai Giudici di Arborea e di Gallura, cittadini pisani. Il conflitto, cui partecipò come alleato dei Pisani anche Gherardo conte di Donoratico, si concluse nel 1258, con la riconquista del Castello, la distruzione di Santa Igia, la fine del giudicato di Calares e la spartizione dei suoi territori tra i vincitori. Ai fratelli Gherardo e Ugolino, conti dei Donoratico della famiglia dei Gherardesca, spettarono le curatorie di Sulcis, Nora, Decimo e di Sigerro (Siliqua compresa).

Nel territorio di Siliqua, risalgono a questo periodo la chiesa di Santa Barbara (della quale non si conosce l'ubicazione) presso la villa di Acquafredda e la chiesa di Santa Maria (oggi allo stato di rudere). Entrambe furono date in donazione da Costantino, giudice di Cagliari, tra il 1089 e il 1090 ai monaci vittorini di Marsiglia. Fu probabilmente la presenza di questi monaci a contribuire al ripopolamento del territorio. L'appartenenza della chiesa di Santa Barbara ai vittorini è documentata fino al 1338.

Anche le prime attestazioni sul castello di Acquafredda ( Castrum Acque Frigidae ) risalgono all'epoca giudicale. Si fa, infatti, riferimento ad esso nella bolla papale del 30 luglio 1238, dove il papa Gregorio IX esortava i giudici di Torres e di Gallura affinché consolidassero le loro fortificazioni, così come era già stato fatto per il castello di Acquafredda, nel giudicato di Calari. Il documento rivela che il castello svolgeva, già da prima della dominazione pisana, funzioni militari di una certa importanza.

In questo periodo la storia di Siliqua, del castello di Acquafredda e della villa sorta ai suoi piedi, è legata alle vicissitudini politiche dei conti della Gherardesca.

Ugolino, signore di Acquafredda e della villa di Siliqua, attestata per la prima volta nel 1272 , accusato in patria di tradimento, fu imprigionato nella torre dei Gualaldi dove morì nel 1289. I figli, Guelfo e Lotto, che ereditarono i suoi possedimenti, per vendicare la morte del padre, dichiararono, nel 1289, guerra a Pisa e si arroccarono a Villa di Chiesa (Iglesias). Nel 1294 le truppe pisane, alleate col giudicato di Arborea, la assediarono e fecero prigioniero Guelfo, che fu poi riscattato dal fratello Lotto, in cambio del castello di Acquafredda che rimase proprietà di Pisa fino all'arrivo degli aragonesi.

Per quanto riguarda Siliqua, sopravvisse alle lotte tra i Gherardesca e Pisa e compare infatti, contrariamente alla villa di Acquafredda, nel censimento fiscale pisano del 1320. Si può ipotizzare che gli abitanti di Acquafredda, che risulta spopolata nel 1476, si siano spostati gradatamente verso Siliqua, in qualche modo meno esposta alle vicende belliche. Questo processo di assimilazione di abitanti dalle ville vicine proseguì per tutto il medioevo, così che Siliqua assunse un ruolo nuovo e strategico nel territorio.

Gli aragonesi giunsero in Sardegna, nel 1297, dietro richiesta del papa Bonifacio VIII che istituì dal nulla, avvalendosi della famosa e falsa donazione di Costantino, il Regnum Sardiniae et Corsicae e lo affidò al re di Aragona, Giacomo II. Questo divenne, però, sovrano di fatto solo dopo aver sconfitto definitivamente i pisani, nel 1324, grazie all'alleanza stretta col giudicato di Arborea.

Sotto il dominio aragonese, la Sardegna fu riorganizzata dal punto di vista amministrativo. Nonostante ciò, “le comunità di villaggio conservarono la loro autonomia e la loro capacità di contrapporsi ai feudatari, i majores continuarono ad essere regolarmente eletti tutti gli anni”.

Siliqua e il castello furono, anche se solo per breve tempo, concessi in feudo alla famiglia della Gherardesca.

In seguito, il paese passò sotto il controllo di Pericono Libià (1327), per il servizio di un cavallo armato per tre mesi all'anno , mentre il castello passò sotto il diretto controllo del re e fu affidato, dal 1324 al 1329, a Bort de Montpalau, poi a Pietro Libià (1331) e successivamente ad Amoros de Ribelles.

A questo castellano dobbiamo il primo inventario conosciuto sugli arredamenti e armamenti della fortezza, redatto nel 1338. Redigere gli inventari era prassi comune per i nuovi castellani ma fino a noi ne sono pervenuti ben pochi. Del castello di Acquafredda se ne conservano due, quello su citato e l'altro del 1351 (pervenutoci in copia del 1355) compilato da Ramon de Ampurias, che subentrò nella carica di castellano a Jaume d'Aragò morto nel 1351.

Nel 1348 anche nel territorio del Sigerro arrivò la peste che decimò la popolazione e spopolò molti villaggi determinandone la scomparsa.

In questo periodo, il dominio aragonese in Sardegna fu minacciato dal giudicato di Arborea che nel 1353, rotto il patto di alleanza, ne attaccò i possedimenti. Gli scontri proseguirono per due anni fino alla pace di Sanluri, l'undici luglio 1355. Era, in quell'anno, castellano di Acquafredda Dalmazzo de Jardi.

Sempre nel 1355, la villa di Siliqua mandò i suoi rappresentanti al Parlamento del Regno di Sardegna, convocato per la prima volta dal sovrano catalano-aragonese Pietro il Cerimonioso.

Il conflitto tra il giudicato di Arborea e la corona di Aragona riprese nel 1365. Collocato in posizione strategica, il castello di Acquafredda svolse un importante ruolo militare. A partire dal 25 aprile 1365, a più riprese i castelli di Acquafredda e Gioiosaguardia furono riforniti di “molte cose loro mancanti, come olio, aceto, fave, carni salate […] bastoni, clave, ferri di varie qualità, balestre, strali, sevo, catrame, canape filate, cavalli ed altre provviste indispensabili al loro mantenimento e difesa”.

Il castello di Acquafredda, assediato svariate volte, resistette ai numerosi attacchi delle truppe arborensi. Infatti, quando i magazzini erano riforniti e le cisterne ricolme “il piccolo presidio potea con occhio sicuro seguire dalle alte vedette il movimento dell'inimico, bersagliarlo colle sortite, protetto dalle mura inespugnabili far piombare dai merli ben mantellati, grossi macigni, o colare acqua ed olio bollente sugli assalitori, e quando questi riuscissero a superare tante difficoltà, si poteano ancora validamente difendere gli usci asserragliati, con lance, spade e veruti, cedendo palmo a palmo il terreno, prima nelle opere avanzate e poi nel ridotto centrale, vero carroccio della difesa”; poteva essere preso “solo ricorrendo alle mene abbiette del tradimento”. Era considerata una rocca sicura persino dal governatore Zatrillas che vi trovò riparo, prima di riprendere la marcia per Cagliari, dopo essere fuggito dal castello di Sanluri, assediato dall'esercito giudicale.

Si combatté anche nei pressi di Siliqua. Le ville si ribellarono agli aragonesi, i quali riuscirono a conservare solo Acquafredda e Gioiosaguardia. I due castelli, pur subendo numerosi danni, non cessarono mai di resistere. Acquafredda fu sempre considerato dalla Corona una fortezza chiave per la difesa della valle del Cixerri, per la sua posizione strategica e in quanto poteva rendere non pochi servizi anche al mantenimento della capitale .

La guerra proseguì, con alterne vicende, per quasi cinquant'anni concludendosi, definitivamente, nel 1420 quando anche il giudicato di Arborea fu inglobato tra i possedimenti della Corona.

Testimonianza della prima età aragonese a Siliqua è la chiesa di Sant'Anna, la cui esistenza è attestata in un documento del 1481, in cui si fa cenno ai lavori di riedificazione essendo la preesistente chiesa in rovina.

Il castello di Acquafredda, nel 1410, Siliqua e il territorio circostante (ormai quasi completamente spopolato), nel 1415, furono infeudati a Pietro Otger. La concessione fu confermata dal re nel 1420. Gli Otger tennero il feudo sino al 1458 quando, a causa dei debiti, lo vendettero a Giacomo d'Aragall e Pietro Bellit, che ne divenne l'unico possessore nel 1464.

In seguito al matrimonio tra Ferdinando II d'Aragona e Isabella di Castiglia (1469), nacque nel 1479 il Regno di Spagna . Da questo momento in poi la Sardegna o, meglio, il Regnum Sardiniae (dal titolo scomparve il nome della Corsica in quanto non fu mai conquistata) divenne uno stato unitario , con un ordinamento proprio, sebbene imperfetto in quanto non aveva la facoltà di stipulare trattati internazionali. La Sardegna spagnola assunse lo stemma araldico dei Quattro Mori.

Il castello di Acquafredda fu, nel frattempo, ereditato da Ludovico Bellit Aragall, nipote di Giacomo e Pietro. Il passaggio fu confermato dal re nel 1512. L'anno successivo Niccolò Gessa acquistò castello e territorio con diritto di riscatto che fu esercitato nell'aprile dei 1519. Nell'atto conseguente al riscatto, Siliqua, chiamata Silico, risulta popolata così come il castello di Acquafredda. Nel 1593, il villaggio di Siliqua contava 587 anime, di cui 323 erano uomini e 264 donne.

Estintosi, nel 1597, il ramo principale della famiglia Bellit, iniziò una disputa per il possesso del feudo tra due rami collaterali, Bellit e Gualbes, che si concluse, nel 1600, con la divisione del feudo in due parti: ai Gualbes furono riconosciuti Gioiosaguardia, Palmas, Villaspeciosa e Decimomannu, ai Bellit Monastir, Nuraminis ed Acquafredda.

Nell'ambito della riorganizzazione amministrativa dell'isola in città regie , baronie e incontrade attuata dagli aragonesi, Acquafredda risulta essere una baronia , cioè un territorio dato “in concessione puramente e strettamente feudale” come attestato nella relazione che Martin Carrilo, visitatore generale del regno, inviò al sovrano nel 1611.

Estintosi anche il ramo collaterale dei Bellit, il feudo fu nuovamente riunito, nel 1616, nelle mani di Ludovico Gualbes. Egli nel 1630 ottenne la trasformazione del feudo in allodio , fatto che permetteva, tra l'altro, anche alle donne la possibilità di ereditare i possedimenti paterni.

Morto senza eredi Ludovico Gualbes, il feudo passò alla sorella Elena, moglie di Antonio Brondo marchese di Villacidro, e da lei al figlio Francesco Lussorio e in seguito al nipote Felice. Questo, morto in giovane età, lasciò erede la figlia Maria Ludovica che rimase proprietaria del patrimonio fino al 1730.

Per capire come fosse Siliqua in questo periodi si possono leggere alcune note, scritte dal parroco Raimondo Aresti nel 1923 sulla base di alcuni documenti in suo possesso: 

“Il villaggio era composto del vicinato di serra de is Cinus (1684), detto anche de sa turri ove esistono tuttora le tracce d'una fortezza, forse dimora del Barone: Siliqua, infatti, era una Baronia (1621); il vicinato de susu, attraversato dal cammino reale che poi fu detto bia manna e ultimamente stradoni, il quale nel 1847 occupò lo spazio di caseggiati che furono a tal scopo distrutti; il vicinato di mesu idda pure attraversato dallo stradone e che aveva da un lato il vicinato di Sant'Antonio (e dietro questo quello di San Giorgio, separato dal vicinato serra de is Cinus per mezzo di quello di Sant'Anna) e dall'altro su bixinau de is topis così detto per le persone (1679) di questo cognome che vi abitavano. Lungo il fiume vi era su bixinau de flumini e forse era lo stesso de arriba. Più giù vi era il vicinato de basciu detto anche di San Sebastiano. Nel 1761 si parla dell'orto di Zinnigas; nel 1704 vi era una carbonizzazione in bau forru; nel 1768 c'era un forno in tegole impopolato, presso il fiume; e de sa cracchera di Zinnigas si parla anche nel 1767. Del monte granatico si fa cenno anche nel 1748. Tra gli impiegati d'allora sono da notare l'ufficiale del marchesato di Palmas, delegato in persona di Maurino Pintus (1673):il magnifico Mayor y Jener; il magnifico ufficiale di Baronia (1644); messo e corredore pubblico (1686); sul 1698 si parla anche della curia maggiore del marchesato cui pare fosse stata deferita una causa di molta importanza. Il marchese di Palmas aveva casa in Siliqua (1669) presso Sant'Antonio e non lontano dalla casa comunale che in tempi moderni (1894) fu acquistata e che prima era di Francesco Pasfier. […] pur tuttavia aveva le opere dei suoi illustri scultori Antioco Diana che lavorò anche nell'altare di Sant'Anna (1775) e Raimondo Diana che nel 1881 abbellì molte statue”.